Ալիգատորին և կոկորդիլոսին ավելի հեշտ է տարբերել նրանց ծնոտի կառուցվածքով։ Երբ կոկորդիլոսի ծնոտը փակ է, ապա երևում է ներքևի ծնոտի չորրորդ մեծ ատամը։ Իսկ ալիգատորի մոտ վերին ծնոտը փակում է այդ ատամները։ Նրանց նաև կարելի է տարբերել դունչի ձևով՝ իրական կոկորդիլոսի դունչը սուր է ու V-աձև, ալիգատորինը՝ տափակ ու U-աձև։ Կոկորդիլոսները համարվում են ավելի պրոգրեսիվ ընտանիք, քան ալիգատորները, օրինակ նրանց մոտ ավելի կատարյալ է աղային փոխանակությունը։ Կոկորդիլոսները աղերի մնացորդները դուրս են հանում օրգանիզմից հատուկ աղային գեղձերի միջոցով, որը գտնվում է լեզվի վրա, նաև արցունքագեղձերի միջոցով («կոկորդիլոսի արցունքներ»)։ Դրա շնորհիվ կոկորդիլոսները կարող են ապրել աղի ջրերում, իսկ ալիգատորները հազվադեպ բացառություններով ապրում են միայն քաղցրահամ ջրերում։
Շատ կոկորդիլոսների երկարությունը կազմում է 2-5,5 մ։ Նրանց արտաքին տեսքը ցուցադրում է հարմարվածությունը ջրային միջավայրին՝ տափակ գլուխ ու իրան, երկար դունչ, երկու կողմից սեղմված հզոր պոչ, կարճ ոտքեր։ Դիմացի վերջույթներին ունի 5 մատ, իսկ հետևինում՝ 4 (չունի ճկույթ), որոնք կպած են մաշկին։ Ուղղահայաց ճեղքավոր բիբով աչքերը տեղադրված են գլխի վերևի հատվածում, այդպիսով նա կարողանում է նայել ջրից, դուրս հանելով միայն քթանցքները և աչքերը։ Քթանցքները և ականջների անցքերը ջրի տակ փակվում են շարժվող փականներով։
